Die AGCK ZH besteht aus den im Kanton Zürich wirkenden Kirchen, die Mitglieder des Ökumenischen Rates der Kirchen sind, sowie der römisch-katholischen Körperschaft des Kantons Zürich. Sie steht auch weiteren Kirchen oder kirchlichen Gemeinschaften offen, welche die Zielsetzung der Arbeitsgemeinschaft bejahen. Als Plattform fördert sie das theologischen Gespräch und die gegenseitige Information unter den Mitgliedkirchen, prüft Möglichkeiten gemeinsamer Aktionen im Hinblick auf die Einheit der Christen und leistet Vernetzungsarbeit. Auf diese Weise und setzt sie die Zielsetzungen der AGCK Schweiz um. Der AGCK ZH gehören derzeit 22 Mitgliedskirchen und drei Kirchen im Gaststatus an. Sie besteht seit 1965 und ist via AGCK Schweiz mit der Konferenz Europäischer Kirchen und dem Ökumenischen Rat der Kirchen verbunden.

Alle Mitgliedskirchen der AGCK Schweiz haben am 23. Januar 2005 in St. Ursanne die Charta Oecumenica unterzeichnet. Die Charta Oecumenica nennt ökumenische Grundüberzeugungen und leitet daraus ökumenische Selbstverpflichtungen der Kirchen her. Basis ist die Überzeugung, dass das Bekenntnis einer Kirche zur Ökumene und die Mitgliedschaft in ökumenischen Organisationen im Verhalten dieser Kirche erkennbar sein soll.