Gremien
Präsident und Vize-Präsident
Präsidium
Plenarversammlung
Vize-Präsident und Präsident
Die Präsidentin, der Präsident wird für eine Amtsdauer von zwei Jahren von der Plenarversammlung gewählt. Das Amt wird im Turnus von einer Vertretung der Evangelisch-reformierten Kirche Schweiz, der Schweizer Bischofskonferenz und eines weiteren Mitglieds der AGCK.CH ausgeübt.
Präsidium
Exekutivorgan ist das Präsidium. Jedes Mitglied der AGCK.CH ist im Präsidium vertreten, wenn möglich von Personen, die in leitender Position in ihrer Kirche sind. Die Evangelisch-reformierte Kirche und die Bischofskonferenz haben je zwei Delegierten, alle anderen Mitglieder je eins (gegebenenfalls mit einer Stellvertretung).
Plenarversammlung
In der Plenarversammlung treffen sich zweimal jährlich Delegierten aller Mitglieder und Beobachter der AGCK.CH mit Vertreterinnen und Vertretrern kantonaler Arbeitsgemeinschaften, die als Gäste daran teilnehmen.