La COTEC-NE réunit cinq Eglises membres, une fédération d’Eglises, deux communautés et une Eglise observatrice.

• Église réformée évangélique
• Église catholique romaine
• Église catholique-chrétienne
• Église mennonite
• Fédération évangélique neuchâteloise
• Eglise orthodoxe
• Communauté de Grandchamp
• Communauté Don Camillo
• Eglise anglicane (statut d’observateur)